Botoks uygulaması, ince iğnelerle gerçekleştirilen ve genellikle kısa süren bir işlemdir. Enjeksiyon sırasında hafif batma veya geçici bir rahatsızlık hissedilebilir. Ağrı düzeyi, uygulama yapılan bölgeye ve kişinin hassasiyetine göre değişebilir.
Çoğu durumda anesteziye ihtiyaç duyulmaz; gerekli görüldüğünde rahatsızlığı azaltmak için farklı yöntemler değerlendirilebilir. İşlem sonrasında enjeksiyon bölgelerinde hafif kızarıklık, hassasiyet veya küçük morluklar oluşabilir. Günlük aktivitelere dönüş genellikle kısa sürede mümkün olsa da işlem sonrası bakım konusunda hekimin önerilerine uyulmalıdır.